PubMed
教学要求
了解PubMed数据库的基本概况
熟悉PubMed的检索界面
掌握PubMed的基本检索方法
PubMed
美国国立医学图书馆国家生物技术
信息中心开发
特点:
1.免费提供题录和文摘
2.可与提供原文的网址链接
(部分免费获取)
3.提供检索词自动转换匹配
4.操作简便、快捷
数据收录范围
OldMEDLINE:1966年以前的文献
MEDLINE:1966至今,收录世界上70多
个国家和地区的4500多种生物医学期刊,
数据每周更新。[indexed for MEDLIEN]
PreMEDLINE:提供MEDLINE尚未经规范
处理的数据,经标引后再加入MEDLINE。
记录中有[in process]的标记,日更新。
Publisher Supplied Citations:出版商直接
向PubMed提供电子记录,包括MEDLINE
未收录的部分记录,时时更新。
PubMed主页
基本检索输入框
特征栏提供辅
助检索功能
侧栏提供其他检索
如期刊数据库检索、
规范词数据库检索、
特定文献检索
执行检索
PubMed检索方法
1.基本检索:在基本检索界面下
完成的检索方法。
2.高级检索:在特征栏和左侧栏
的辅助下进行的检索方法。
在检索栏中输入:
一个或多个检索词(系统默认空格为AND检索
)如:hepatitis virus
著者姓名,姓在前,名在后,如:smith ab
刊名,可输全称或MEDLINE认可的标准缩写
形式如: clin exp immunol
布尔逻辑运算式(运算符须大写)如:
stem[ti] AND neuroscience
PubMed 基本检索规则
多个检索词输入:
Moore AM撰写的有关接
触性皮炎的文章
刊名的输入
(字段限定来源出处SO)
著者检索
检索式输入
仅检索有文摘
的文献
常用字段标识符:
AD 作者地址
AB 文摘
AU 著者姓名
JA 期刊名称
LA 语言文种
MAJR 主要MeSH主题词
MH 全部MeSH主题词
PG 期刊页码
DP 文献出版日期
PT 文献类型
SH 副主题词
TW 文本词
TI 题名词
VI 卷
IP 期
检索系统的主要特点:
1、检索词自动转换功能
自动对照MeSH词表、刊名转换表、短
语表、著者名索引, 依次寻找转换
短语寻找转换单词转换
单词在上述四个字段寻找转换在所
有字段中转换
2、截词检索功能:treat*
3、强制检索功能:“single
cell”(不再自动转换匹配和扩展
检索)
4、链接功能:
(1)链接相关文献。
(2)链接 NCBI其他数据库。
(3)链接外部资源。
(4)链接相关图书。
高级检索
一、PubMed的辅助检索(特征栏)
1、限制检索( Limits )
字段限制:著者、刊名、篇名等
数据录入时间:限制选择30天~10年
出版日期限制
文献类型限制: 7种
语种限制: 7种
子文档: 13种
输入检索词,系统默
认空格为AND关系
限制检索界面
子文档
检索词来源
字段限制
文献类型
选择限制
数据录入
时间限制
文献发表
日期限制
只要有文摘
的文献限制
语种
限制
研究对象年龄限制
2、预览/索引(Previw/Index)
预览检索式和检索结果的记录数
修改检索策略
(可用检索式编号#1 OR #2)
从索引表(Index)中选词检索
检索预览
检索结果
索引加词
检索
步骤3 索引选词
步骤4 确定与检索栏中
检索提问的逻辑关系
步骤2 输入待选词
步骤1 点击预览
和索引
3、检索史(History)
检索式回顾:检索号、检索式、
检索时间、检索记录数
编辑检索式
如:#3 AND child
注:最多可保留100个检索式。
检索历史回顾
检索式
检索时间
检出篇数
检索号
清除检索史
4、粘贴板(Clipboard)
存放检索结果,最多可存放500条记录。
1.选择
记录
2.选择Clipboard
记录编号的颜色变绿
5、细节(Details)
显示检索词转换匹配运算详细过程
用途:
(1)转换、确定规范词
如:liver cancerliver neoplasms
(2)修改检索策略
数据库匹配过程
规范词转换
你输入的检索式
检索明细
修改检索策略的方法:
1.检索框中随时修改
2.利用“Limit” 、
“Preview/Index”、 “History”、
“Details”功能键实现。
二、左侧栏检索功能
Database
功能:确定规范检索词;查看词义注释、
树状结构表;副主题词、扩展主要主题
词等。
例:欲查SARS(严重急性呼吸窘迫综合
症)是否有相关规范词,什么时候在系
统中建立该词,有关治疗有无文献?
1.选择MeSH数据库检索
2.输入检索词
4.点按此处可获详细注解
3.执行检索
点击此
处确认
点击此处
执行检索
选择副
主题词
通过MeSH
Database
检索的结果
2.引文匹配器(Citation Matcher):
功能:输入题录信息,查找特定文
献进行补缺。
注意:刊名要准确,缩写要标准;著
者姓名大小写均可
如 查 找 : 由 Chang PY撰 写 在 1975年
taiwan yi xue hui za zhi 上发表的文
献的其他著者
输入待检刊名
输入待检第一著者
特定文献查找(已知文献第一著
者,欲查其他信息如其他著者等)
输入出版年
得出其他著者
3.期刊数据库
(Journal database):
通过输入刊名全称或缩写名等浏
览期刊文献。
提供电子原文的超链接。
期刊数据库检索
输入待检期刊名
得出期刊详细信息
4.临床问题
(Clinical Queries):
专门检索临床研究方法学(循证
医学)文献,主要涉及治疗、诊
断、病因、和预后四个分类,并
提供强调选择,即敏感度(强调
查全)或专指度(强调查准)。
5.临床警示(Clinical Alerts):
1991年开始,美国卫生健康
研究所( NIH )不定期公布能
引起死亡率和致病率升高的临床
试验项目重要新闻稿。
6、PMC (PubMed Center)
生命科学期刊资源中心
免费提供185多种期刊全文(至
2005/5/11止)
检索结果输出
显示检索结果
保存检索结果
保存检索策略
打印检索结果
显示字段选择(Display)
Abstract:来源期刊、标题、著者、著者
地址、记录性质、文献类型、勘误、评
论、PMID或UI、摘要。
Citation: 显示除上述内容外,加MeSH
词、化学物质名称、资助项目号等字段。
MEDLINE: 字段最完整,有标识符
显示格式选择
有免费全
文链接
有文摘
翻页
相关文
献链接
可获电子全文的链接
输出格式选择(send to )
选中记录后——
Text当前网页文本格式
用浏览器文件保存
File所有记录文本格式:最多10000条
Clipboad 剪贴板:允许最多存储500
条,多项检索后一起保存
Email:通过邮件发送
保存检索策略
Details 中的URL ,可以让检索匹配
的详细策略放入检索框,该检索页
面可以存储入浏览器收藏夹。
Cubby 灰色栏中的功能按钮,存储
在数据库的个人文档中。
需先注册,
填写用户
名和口令
打印检索结果
1.浏览器打印(当前显示的网页)
功能键,增加网页显示的记
录数
3.保存后一起打印
六.获取原文及相关资源
1.联机获取原文(文摘中超链)
2.向NLM索取原文(order)(由
图书馆出面向成员馆订购)
3.相关文献查找(related
article)
4.其他数据库资源(生物信息学
等)
Pubmed演示题
1、查找乳腺癌与BRCA1基因突变相关的
文献。
2、已知:第一作者是Challis DE,出处是
Pediatric Research,2000,47(3):309~15。
要求写出其他合著者。